كاشطات البروتين هي قلب عملية ترشيح أحواض المياه البحرية. فهي تزيل البروتين الذي يتم إطلاقه بشكل دائم في الماء عن طريق الكائنات الحية الدقيقة واللافقاريات والأسماك. تقوم الكاشطات القوية والاقتصادية بإزالة الجزيئات والمواد العائمة، وتقوم بتهوية الحوض.