يستخدم فلوكونازول لعلاج الالتهابات الفطرية أو الخميرة الخطيرة، بما في ذلك داء المبيضات المهبلي، داء المبيضات الفموي البلعومي (القلاع، مرض القلاع الفموي)، داء المبيضات المريئي (التهاب المبيضات المريئي)، عدوى المبيضات الأخرى (بما في ذلك التهابات المسالك البولية، التهاب الصفاق [التهاب بطانة المعدة])،