يستخدم بانتوبرازول لعلاج التهاب المريء التآكلي (تلف المريء من حمض المعدة الناجم عن مرض الارتجاع المعدي المريئي ، أو ارتجاع المريء) لدى البالغين والأطفال الذين لا تقل أعمارهم عن 5 سنوات. عادة ما يعطى بانتوبرازول لمدة تصل إلى 8 أسابيع في المرة الواحدة أثناء شفاء المريء.